詳述:
1949年中華人民共和國成立，原址北京清華大學由中華人民共和國政府接管。中華民國政府遂於1955年在新竹市進行復校。復校之初首設原子科學研究所，1964年恢復大學部，目前共設有理、工、原子科學、人文社會、生命科學、電機資訊及科技管理七個學院，共有十七個學系、七個學院學士班、二十三個獨立研究所。
在學術研究上，國立清華大學與國立陽明大學、國立交通大學及國立中央大學四校共同組成台灣聯合大學系統，整合各校資源，共同成立研究中心，以提升臺灣學術在國際間的能見度。此外，復校後的清大和交大固定於每年春季舉辦「梅竹錦標賽」，已成為兩校之間的悠久傳統，比賽項目包含球類、橋藝、棋類、拔河等。
為了促進跨國文化的學習研究，清大的國際學術交流相當積極，計與29國130所大學（2011年4月）保持校際合作關係，各國交換學生、外籍生、雙聯學位、交換教師、華語學習的互動熱絡。
根據湯姆森路透重要科學指標（Thomson Reuters, Essential Science Indicators），清大在化學、物理、材料科學、工程、計算機科學、生物與生物化學及臨床醫學等七學門被列為論文被引次數世界前1%之研究機構；台灣在22個評比學門中之5個學門有研究機構躋身世界百強，清大在「材料科學」排名世界第37名，居全台各校所有領域之首[1]。在腦神經科學領域，諾貝爾獎得主DNA之父華生(James D. Watson)於2010年造訪清華時譽為『世界領先』。
清大在兩岸三地所有大學中，平均每位教師發表的SCI/SSCI論文數及被引用次數名列前茅，兩岸三地高等教育位居第4名。依2010年倫敦泰晤士報的統計，清大名列全球第107名；在QS世界大學排名中，若以教師數量700人以內的大學做比較，則是全世界第11名；教師數1,000人的大學中，則位居全世界第37名。
校歌
汪鸞翔先生作詞，張麗真女士作曲，趙元任編合唱
西山蒼蒼，東海茫茫，吾校莊嚴，巍然中央，
東西文化，薈萃一堂，大同爰躋，祖國以光。
莘莘學子來遠方，莘莘學子來遠方，
春風化雨樂未央，行健不息須自強。
自強，自強，行健不息須自強！
自強，自強，行健不息須自強！
左圖右史，鄴架巍巍，致知窮理，學古探微，
新舊合冶，殊途同歸，餚核仁義，聞道日肥。
服膺守善心無違，服膺守善心無違，
海能就下眾水歸，學問篤實生光輝。
光輝，光輝，學問篤實生光輝！
光輝，光輝，學問篤實生光輝！
器識其先，文藝其從；立德立言，無問西東。
孰介紹是，吾校之功，同仁一視，泱泱大風。
水木清華眾秀鍾，水木清華眾秀鍾，
萬悃如一矢以忠，赫赫吾校名無窮。
無窮，無窮，赫赫吾校名無窮！
無窮，無窮，赫赫吾校名無窮！
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